要切实保护好基本农田，就必须依靠有效的制度来保障。根据《基本农田保护条例》的规定，为保证实现本行政区域内土地利用总体规划确定的基本农田保护目标和任务，要由县级以上地方各级人民政府采取目标管理办法，明确目标任务、制定考核办法、采取措施并进行责任考核兑现奖惩，这就是基本农田保护目标责任制。它的主要内容包括：县级以上地方人民政府将基本农田保护工作纳入国民经济和社会发展计划，确定基本农田保护目标和任务；将基本农田保护工作作为政府领导任期目标责任制的一项内容；上一级政府应当监督下一级地方人民政府基本农田保护工作的实施。

保护基本农田是每个公民和单位的法定义务，也是各级人民政府和基本农田所有者、使用者的责任。基本农田保护要真正落到实处，除了要求每个公民、每个单位认真履行法定义务外，关键是要加大各级人民政府和基本农田所有者、使用者的责任。最有效的方法，是要建立健全各种形式的基本农田保护责任制。

首先，要建立和完善政府领导任期目标责任制。要把基本农田保护工作纳入各级地方人民政府编制的国民经济和社会发展计划，作为政府领导人任期目标责任制的一项内容，作为考核政府主要领导政绩的一项指标。

其次，上下级地方人民政府要签订基本农田保护责任书。基本农田保护责任完成情况，要作为上级地方人民政府考核下级地方人民政府领导的一项重要内容。

第三，乡（镇）人民政府要与农村集体组织或者村民委员会签订基本农田保护责任书，明确保护目标和保护责任。

第四，农村集体经济组织或者村民委员会要与承包经营基本农田的农户签订基本农田保护责任书，把基本农田保护责任具体落实到地块。

通过层层签订基本农田保护责任书，把国家下达的基本农田保护任务落实到了各级地方人民政府，落实到了农村集体经济组织或者村民委员会以及具体的农户。这为实现基本农田保护目标提供了有力的保障。